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    solexa的测序原理是可逆终止化学反应。dna片段加上接头之后，可以随机的附着于玻璃表面（flow cell），并且在固相的表面经过桥式扩增。这样就形成了数千份相同的单分子簇，被用做测序模板。测序采取边合成边测序的方法，和模板配对的ddntp原料被添加上去，不配对的ddntp原料被洗去，成像系统能够捕捉荧光标记的核苷酸。随着dna 3'端的阻断剂的去除，下一轮的延伸就可以进行。和焦磷酸测序不同，每次dna的只能延伸一个核苷酸。solexa的读长在100-150bp之间，适合小rna鉴定、甲基化和表观遗传学研究。